Après ses débuts remarqués au sein de la Discovery en 2002, Tom Boonen a signé au sein de l'équipe Quick Step-Davitamon. Après une première saison au sein de l'équipe de Lefevere compliquée, le Flamand a beaucoup mieux débuté sa saison 2004 avec troisième du Tour du Qatar, dont il remporte une étape, puis en Espagne, où il remporte une étape de la Ruta del Sol. Maintenant place aux classiques. Tom n'a pas disputé le Het Volk et a fini 9e à Kuurne.

Un mois est passé et le Belge était au départ d'Harelbeke avec des ambitions. Zanini était présent afin de le guider dans l'emballage final.

Malgré des nombreuses offensives dans le secteur des monts, une trentaine de coureurs se sont disputés la victoire après plus de quatre heures et demi de course.

Après 195 kilomètres de course, Tom Boonen (Quick Step) s'est montré le plus rapide au sprint devant Jaan Kirsipuu (Ag2r) et Andris Nauduzs (Domina Vacanze). L'emballage final a été marqué par les chutes de Stuart O'Grady et de Paolo Bettini.

Gent-Welvelgem s'est déroulé 10 jours après le Grand Prix E3. Cette classique s'est disputée sous des conditions difficiles mais Tom a eu autour de lui un équipe très forte

Lors du premier passage sur le Kemmelberg, Matthew Hayman (Rabobank) s'est gravement blessé en chutant. Ce mont a permis une sélection avec un groupe de 24 coureurs avec le tenant du titre Klier (Telekom), de nombreux sprinteurs mais surtout sept coureurs de la Quick-Step.

Lors de la second ascension, Jimmy Casper est lâché. Cependant, le Français a bénéficié de la crevaison de Boonen à 32 bornes de l'arrivée.
Le leader de la Quick-Step est vite revenu sur le groupe de tête.

Après 208 kilomètres de course, dans un peloton d'une vingtaine de coureurs, Tom Boonen (Quick-Step–Davitamon) s'est montré le plus rapide au sprint devant le futur vainqueur de Paris-Roubaix Magnus Bäckstedt (Alessio–Bianchi) et Jaan Kirsipuu (AG2R Prévoyance). Toute en puissance, Tom a dominé la concurrence sur la droite de la route. Le premier Français Jimmy Casper (Cofidis) a pris la cinquième place.

Finalement, pour la troisième fois en peu temps, Tom Boonen s'est imposé au sprint sur une classique Flandriennes du Grand Prix de l'Escaut, qui est la plus accessible aux sprinteurs. Puisqu'il a battu l'Australien Robbie McEwen (Lotto – Domo) et Simone Cadamuro (De Nardi). C'était la dernière course de la légende Johan Museeuw.

Malheureusement, malgré ces trois succès, Boonen était encore trop juste pour les Monuments, terminant neuvième de Paris-Roubaix et 25e du Ronde.

Cependant, la suite de la saison a été bien plus glorieuse avec des victoires sur le Tour de Picardie, sur son Tour national ou encore sur le Ster Elektrotoer. Avec sa première participation sur la Grande Boucle, il a confirmera qu'il faisait partie du gratin dans les arrivées massives. Puisqu'il s'imposera à Angers lors de la sixième étape, puis sur la prestigieuse dernière étape sur les Champs-Élysées. En fin de saison, il aura lever les bras 19 fois.